건국대를 이끄는 핵심 그룹은 학교법인 이사회와 총장을 비롯한 보직라인, 동문과 사회저명인사로 구분할 수 있다. 먼저, 학교 운영의 핵심 의사결정기구인 법인 이사회는 김경희 이사장을 중심으로 법무부장관을 역임한 이정우 변호사, 총동문회장 출신인 홍순정 남양건설산업(주) 대표이사, 대통령 정무비서관을 역임한 김시복 (주)스토리워크스 회장, 백성학 영안모자(주) 회장, 이정근 전 건국대 부총장, 진민자 (사)청년여성문회원 원장 등이 이사로 참여하고 있다. 여기에 법인 업무를 총괄하는 정인경 사무국장과 이사장을 근거리에서 보좌하는 김진태 비서실장은 법인 운영과 의사결정 과정에 핵심적인 참모 역할을 수행하는 전략가로 꼽힌다. 학교법인 건국대는 대학 발전과 비전을 공유하고자 외부에서 영입한 전문가 그룹이 많은 것도 특징. 대표주자로는 서울대 의대와 미국 미시간대 석·박사를 거쳐 삼성의료원 원장을 역임한 최규완 박사가 지난해부터 건국대 의료원장으로 재직하고 있으며, 정택모 행정부원장은 서울 아산병원의 관리 상무를 역임한 행정통으로 이름이 높다. 건국대 남측부지 스타시티 개발 사업을 주도해온 건국 AMC의 권상문 사장과 오중근 부사장은 각각 삼성중공업 건설부문 대표이사와 삼성물산 건설기술연구소장을 역임한 삼성맨으로 해당 분야 전문성을 앞세워 수익사업 창출의 선봉장 역할을 하고 있다. 대학에는 지난 4년간 정길생 전 총장을 보좌하며 기획조정처장으로 크고 작은 발전 전략을 진두 지휘해온 김종순 부총장이 개혁과 발전 전략의 브레인 역할을 수행하고 있으며, 오명 총장 취임과 함께 대외협력부총장으로 발탁된 최석식 전 과학기술부 차관 역할도 주목된다. 교수협의회 민상기 의장과 유영만 대학노조위원장, 김태경 동문회장 등은 해당 분야 구성원의 합의와 결속을 이끄는데 핵심 역할을 수행하고 있으며, 헬리콥터 공학의 세계적 권위자인 유영훈 차세대혁신기술연구원장, 포항공대에 재직하다 지난해 의생명과학연구원 초대 원장으로 발탁된 채치범 원장, 건국대병원 이경영 병원장 등 14개 BK 21 사업을 관장하는 책임자 그룹도 향후 대학 발전과 비전 추구에 중추적인 역할을 담당할 인사들이다. 대학 경영에 직접적인 영향을 미친다고 보기는 어렵지만 사회 각 분야에서 모교의 위상을 높이는 동문들의 활약도 다양하다. 정계에서는 17대 국회 들어 원내 대표를 역임하는 등 여당 실세로 활동해온 김한길 의원을 비롯해 김낙성, 감학송, 홍문표, 제종길, 정청래 의원 등이 건국대 학부를 졸업했으며 교육계에는 상지대 설립자인 김문기 이사장과 심화진 성신여대 이사장을 비롯해 정성구 총장(대신대), 조기홍 총장(평택대), 김봉태 총장(선문대) 등 전 현직 총장과 이사장도 10여명에 달한다. 이밖에도 법조계에서는 조용호 서울고법 부장판사와 법조인 동문회장인 박선주 변호사, 한호형, 안철상, 정경현, 김정만판사 등 1백여명이, 경제계에서는 김신권 한독약품 명예회장, 윤덕병 한국야쿠르트 회장, 이중근 (주)부영 회장, 윤석금 웅진그룹 회장, 최종환 삼환그룹 명예회장 등이 대표적인 동문 기업인으로 꼽히고 있다.